La Dirección de Investigación es el organismo gestor del diseño, implementación y ejecución de las políticas, procedimientos y estrategias de investigación científica, tecnológica, humanística y artística de la Universidad Laica Eloy Alfaro de Manabí. Se integra a las funciones de las Comisiones de Investigación de las Facultades y Extensiones y transversalmente mediante la interacción con las Direcciones de Vinculación y Emprendimiento, Planificación, Proyectos y Desarrollo Institucional, Gestión y Aseguramiento de la Calidad y Planificación Académica Institucional.